Игра рассказывает о том, как некий Алекс Шеферд (Alex Shepherd) возвращается в свой родной город Шефердс Глен (Shepherd’s Glen). Вернувшись, он узнает о загадочном исчезновении родного брата и отца. Алекс тут же отправляется на поиски родных, но задача оказывается не из легких. Чтобы найти пропавших родственников, герою предстоит преодолеть свои самые страшные кошмары, найти разгадку таинственных событий и противостоять невероятному Злу, которое, как оказалось, захватило его близких. В конце концов Шеферд оказывается на улицах города Сайлент Хилл. Они лишь кажутся пустыми. На самом деле весь город — это обитель зла. Вернуться назад вы сможете лишь после того, как разгадаете страшную тайну озера Толюка (Toluca). Сможет ли Алекс выжить и найти брата и отца?