События Assassin's Creed 4: Black Flag развиваются в 1715 году. Пираты правят Карибами и даже основали собственную Республику, где коррупция, алчность и жестокость встречаются на каждом шагу. Среди всего этого беспорядка можно выделить дерзкого молодого капитана по имени Эдвард Кенуэй. Своим стремлением к славе он заработал уважение, сравнимое даже с Черной Бородой, но это также втянуло его в древнюю войну между Ассасинами и Тамплиерами. Войну, которая может уничтожить все, что построили пираты.

Это история двух грабителей, которые на самом деле не те, кем кажутся. Один из них — агент из управления по борьбе с наркотиками, а другой — тайный агент разведки ВМС. Сами того не желая, они занимаются расследованием дел друг друга, а также воруют деньги у мафии. Через некоторое время героям придется украсть 50 миллионов долларов у ЦРУ.